El CEINCE tiene su sede principal en Berlanga de Duero. Berlanga es una villa declarada conjunto histórico-artístico que fue sede del Marquesado de los Velasco, Tovar y Frías, condestables de Castilla. Dentro de esta villa, el CEINCE está instalado en la casa señorial del siglo XVI atribuida a la familia de los Bravo de Laguna, declarada por real decreto monumento histórico-artístico de carácter nacional.

El centro ocupa la parte baja del inmueble, rehabilitada para espacio museográfico, y diversas construcciones de nueva planta en las que se ubican los siguientes elementos: salas de exposiciones, oficina de gestión del CEINCE, servicio de documentación (con área para investigadores), aula Julián Sanz del Río y biblioteca. 

Se trata de una iniciativa cultural promovida por la Asociación Schola Nostra, colectivo que agrupa a diversos profesores e investigadores de las universidades de Valladolid, Burgos y Salamanca y otros grupos y personas vinculados a la renovación pedagógica. Cuenta también con toda una red de colaboradores que se extiende a un buen número de ámbitos universitarios del país y a otros sectores del sistema escolar y de la educación no formal. Forman parte asimismo de su Consejo Científico destacados académicos españoles, europeos y americanos.

Su director actual es el profesor Agustín Escolano Benito, catedrático de la Universidad de Valladolid. Anteriormente lo fue de la de Salamanca, además de presidente de la Sociedad Española de Historia de la Educación (SEDHE) y miembro del comité ejecutivo de la Internacional Standing Conference for the History of Education (ISCHE).